В начале ХVIII века село Филатово числилось как Рождественский погост на реке Мологоще. Здесь в 1704 году Косьмой Думашевым была построена деревянная церковь. Каменная, существующая ныне, выстроена местными помещиками А. Д. Вороновой и ее детьми Алексеем и Михаилом Думашевыми в качестве домовой в начале 1750-х гг. Антиминс на освящение церкви выдан в 1778 году.
В 1808 или 1810 году деревянная церковь на погосте сгорела. Усадьба Филатово в эти годы, по-видимому, переходит из рук в руки и разные источники называют имена различных владельцев: в 1812 году село принадлежит графине Апраксиной Елизавете Кирилловне, в 1815 году колокольню при церкви строят Думашевы; в 1816-1819 году село принадлежит помещику прапорщику П. А. Ханенееву, которому было предписано перенести уцелевшие вещи из сгоревшей деревянной в его домовую каменную, в связи с утверждением ее в 1818 году приходской церковью. Наконец, для. передачи приходу "весной будущего 1819 года" П. А. Ханенеев обязуется "обстроить" свою "ветхую" домовую церковь. Имеется в виду приведение в порядок кровли и крылец, но фактически здание было реконструировано в новых стилевых формах классицизма. В 1842 году в церкви сделали новый трехъярусный иконостас. В 1880 году село принадлежало поручику С. И. Соколову, который украсил все стены внутри храма живописью, а несколько лет спустя был сделан наружный ремонт, во время которого стены оштукатурили.
В начале XIX века к церкви пристроили колокольню и она получила наружное убранство в стиле классицизма. В послевоенные годы сломаны колокольня, трапезная, апсида и глава на храме. Часть оконных проемов разрушена. Реставрационные работы не проводились.
