Санторини стал христианским в III веке и получил свой епископат, где первым епископом был Диоскур (344-347гг.). Со времен Юстиниана, епископ Теры подчинялся, вместе с одиннадцатью другими иерархами, Митрополиту Родоса. Самый значительный памятник византийского периода на Санторине – элегантная небольшая церковь Богородицы Епископи Гониа, построенная во времена императора Алексия I Комнина (1081-1118гг) на развалинах базилики раннехристианской эпохи. В течение некоторого времени, она была кафедральным храмом Епископа Санторинского.
В наше время церковь представляет небольшое здание с любопытной архитектурой. Одно время она весьма славилась и была причиной раздора между православными и католиками. Когда в 1207 году на остров прибыли франки, церковь была превращена в католическую. В 1537 году, остров захватили турки, православные этим воспользовались и вернули ее себе, хотя и не полностью. Имущество было разделено пополам между католиками и православными, и обе стороны имели право проводить службы. Начались споры – кто будет служить первым на празднике Богородицы 15 августа, а кто на вечерне? Конфликты иной раз доходили до применения оружия. В 1768 году патриарх и султан окончательно искоренили разногласия, запретив католикам использовать церковь. После создания современного Греческого государства, земельные владения церкви перешли к нему и, в настоящее время, церкви принадлежит лишь окружающий ее обширный двор. Современный вид церкви не соответствует ее облику XI века, поскольку время от времени здесь сооружались разного рода пристройки, среди которых выделяются звонница и наружная лестница.
Некоторые фрагменты здания, включая черепичную крышу, исчезли бесследно, после того, как церковь была отштукатурена и выкрашена в ослепительный белый цвет. В изначальном виде сохранился только византийский мраморный иконостас. Ориентировочно, создание фресок относится к концу XI века или к XII веку.
Во дворе храма было обнаружено кладбище эпохи венецианского господства. В храмовый праздник 14 августа, накануне праздника Успения Богородицы, проводится Великая Архиерейская Вечерня и раздача кусочков просфоры. Затем следует праздник, во время которого преподносится фава (блюдо из гороха), фасоль и вино «нихтери». Следует всеночное поклонение верующих. 15 августа, в день празднования Успения Богородицы, в храме проводится Архиерейская Святая Литургия.
Самая главная икона храма – Богородица Гликофилуса, это литаническая икона Богородицы с Христом, в иконографическом типе «Гликонофилуса» (нежноцелующая). На иконе имеются также изображение шестерых святых. Икона принимала участие в литаниях (крестных ходах) у стен Константинополя и была передана храму Епископи в XI веке.
