История Свято-Георгиевского храма началась практически одновременно с основанием Екатеринодара. На северной окраине города между улицами Котляревской (ныне Седина), Пластуновской (Янковского), Ярмарочной (Головатого) и Северной путешествующими и паломничающими во Святую землю монахами были устроены скит и молельня, как подворье или, выражаясь современным языком – филиал Балаклавского монастыря, одного из древнейших на юге России.
К середине девятнадцатого века в подворье были построены молитвенный дом, временная часовня, два кирпичных дома для братии (сохранившиеся и поныне они находятся во дворе нынешнего техникума с восточной и южной сторон), настоятельский дом и несколько хозяйственных построек.
Подворье занимало целый квартал, именовавшийся по городскому градостроительному плану конца девятнадцатого века как №315. На территории подворья послушниками был разбит большой фруктовый сад, устроены огороды и велось образцовое монастырское хозяйство.
К концу девятнадцатого века руководство Георгиевского Балаклавского монастыря Таврической епархии в лице игумена Никандра обратилось в Городскую думу Екатеринодара с просьбой о помощи в строительстве на территории подворья каменной церкви во имя Святыя и Живоначальныя Троицы с часовней во имя Святаго Великомученика Георгия Победоносца.
Надо сказать, что к тому времени благословение руководства Таврической епархии на постройку этой церкви уже имелось, однако монастырь не был достаточно богат, а большое расстояние от Балаклавы до Екатеринодара вносило многие трудности в дело строительства.
Закладка Храма, по сообщению воскресного выпуска "Кубанских Ведомостей" от 4 июня 1895 года, была намечена на следующее воскресение, 11 июня, но из-за непогоды была отложена и произошла еще через одну неделю, в воскресение 18 июня после всенощного бдения с вечера субботы и Литургии, начавшейся в 9 часов утра.
История не сохранила имени архитектора и автора проекта храма. Достоверно известно лишь то, что строительство велось не без участия знаменитого архитектора Мальгерба – создателя кафедрального Собора во имя Святой Великомученицы Екатерины в центре Екатеринодара.
30 ноября 1903 года, в воскресение, на подворье Балаклавского Георгиевского монастыря в Екатеринодаре был освящен храм во имя Святаго Великомученика и Победоносца Георгия.
Храм выстроен в византийском стиле – центральная часть и два придела. Северный – в честь преподобного Маркелла и Марии Египетской, южный – в честь Феодоровской иконы Божьей Матери.
Над центральной частью пять классических куполов в виде луковиц, над притвором – колокольня, всего над храмом 11 куполов. Длина храмовой и алтарной части 26 метров, ширина 20 метров. Размер первого яруса колокольни 5,5 м. Фасады решены в одинаковых архитектурно-художественных приемах и раскрепованы пилястрами с ширинками на первом ярусе, трехчетвертными пучками колонн на втором и третьем ярусах. Оконные проемы имеют трехцентровые перемычки на галерее, двойные полуциркульные – на втором ярусе и прямоугольные с контрналичниками и сандриками в виде кокошников на третьем. Цветовое решение фасада выполнено из лицевого кирпича местного производства и цветных изразцов оригинальным и интересным способом.
После известных исторических событий октября 1917 года наступили непростые взаимоотношения между Православной Церковью и государством, от которого Церковь была отделена. Сложная жизнь началась и для всех верующих. В период с 1922 года по 1939 год большинство храмов в городах и районных станицах епархии фактически было закрыто, многие из них были разрушены до основания. Последней в Краснодаре была закрыта Всесвятская церковь на городском кладбище. Действующим остался только Свято-Георгиевский храм.
Несмотря на полные противоречий бурные события XX века церковь никогда не закрывалась, служба шла ежедневно, двери храма всегда оставались открытыми для прихожан.
