Церковь во имя Святителя и Чудотворца Митрофана Воронежского была заложена в июне 1834 года по инициативе протоиерея Антония Писарского, настоятеля Введенской церкви Пензы, находившийся на Пешей улице (ныне ул. Богданова). Он обратился с прошением на имя епископа Пензенского и Саранского Иоанна «о постройке против деревни Тимаковки (сейчас это местность около ул. Водопьянова) каменной кладбищенской церкви».
В то время на расположенном поблизости от Тимаковки кладбище уже хоронили усопших на протяжении 40 лет, поэтому возникла необходимость постройки храма.
Прошение протоиерея Антония было удовлетворено. Храм заложили летом 1834 года, и вскоре началось возведение церкви. Строительство шло быстро, и уже 22 октября 1836 года состоялось освящение храма во имя Святителя Митрофана Воронежского. В сентябре 1838 года была построена и колокольня.
Первоначально храм был приписан к Введенской церкви, самостоятельного причта в нем не было, службы совершались крайне редко, не более 10 раз в году. Из-за этого здание стало приходить в негодность, и его решено было упразднить. Но в 1883 году местный купец Пособцев, похоронивший на Митрофановском кладбище своего приказчика, решил отремонтировать церковь, после чего в нее был назначен собственный причт.
В мае 1890 года строительное отделение утвердило проект на распространение Митрофановской церкви, составленный епархиальным архитектором Алексеем Егоровичем Эренбергом (1863-1938 гг.), который предусматривал расширение трапезной за счет двух боковых приделов и устройство двух пристроек к колокольне для лестницы и кладовки. В результате вместимость храма увеличивалась до 700 человек. Перестройку церкви осуществил за свой счет ее ктитор — купец Епифанов.
В 1932-1933 гг. в Митрофановском храме разместилась архиерейская кафедра, находившаяся здесь до 1945 года.
В 1937-1945 гг. это была единственная действующая церковь (хотя и она ненадолго закрывалась: с 5 ноября 1941 года по 19 января 1942-го).
Храм стал одним из первых, освященных в честь святителя Митрофана Воронежского. Он был первым епископом (1623-1703), который пребывал на кафедре Воронежа более 20 лет. Начало его епископского служения совпало с трудным временем смут и церковного раскола. Первый воронежский святитель усердно заботился о нуждах паствы. Он ратовал за бедных и богатых, покровительствовал сиротам, был защитником обиженных.
Митрофан Воронежский при жизни прославился не только своей святостью, но и усердным радением о благе России, являясь горячим сторонником преобразований Петра I, в царствование которого жил.
Престолов в церкви три. Главный — во имя святителя Митрофана Воронежского, правый — в честь Нерукотворного Образа Иисуса Христа, левый — в честь Иверской иконы Божией Матери и Святителя Феодосия Черниговского Чудотворца.
В храме находятся два склепа: купцов Пособцевых и архиепископа Пензенского и Саранского Кирилла.
В Митрофановской церкви в настоящее время находится и хранится главная святыня города — чудотворная Казанская икона Божией Матери, подаренная Пензе царем Алексеем Михайловичем. Согласно преданию, этот образ спас город от набега кочевников в 1717 году во время Большого кубанского погрома. По молитвам перед ним город был спасен.
Икона долгие годы хранилась в Спасском соборе, в 1920-х гг. — в Петропавловской церкви, в 1930-х гг., вероятно, в Успенском соборе, а оттуда попала в Митрофановский храм.
1 октября 1999 года перед этой иконой в первый день своего пребывания в Пензе на торжествах по случаю 200-летия Пензенской епархии совершил молебен Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
По материал книг Е. Белохвостикова «По храмам Пензы»
