История Седмиозерной пустыни начиналась так же, как и история большинства монастырей России. В 1615 году в пустынном месте, куда захаживали только язычники-черемисы, поселился схимонах Евфимий, выходец из Великого Устюга. Вскоре, узнав о подвижнической жизни блаженного старца Евфимия, рядом с ним стали селиться монахи и послушники, а в 1627 году был официально открыт монастырь. Первоначально он назывался Вознесенским. Сам схимонах Евфимий вскоре был вызван Казанским архиепископом в Казанский Спасо-Преображенский монастырь Казанского кремля, где и скончался. Долгое время монастырь был невелик и небогат. Так в 1646 здесь жили 27 человек братии, которые кормились огородничеством.
Общежительным монастырем пустынь стала в 1816 году, а в 1884 году была предоставлена в личное управление казанским правящим архиереям, которые отныне становились настоятелями Седмиозерной пустыни.
Ее главной святыней являлась Смоленско-Седмиозерная икона Божией Матери. Основатель монастыря схимонах Евфимий принес эту икону, издавна хранившуюся в семье его родителей, из Великого Устюга. Этот чудотворный образ, по благословению правящего архиерея, схимонах Евфимий пожертвовал монастырю. В 1654 году, когда в Казани свирепствовала чума, от которой погибло до трети жителей, благочестивой монахине Марфе во сне явилась Богородица и повелела, чтобы ее чудотворный Седмиозерный образ был принесен из монастыря в Казань, а воеводы и духовенство торжественно встретили его крестным ходом. Все это было исполнено и чума в городе прекратилась.
Еще одна славная страница в истории монастыря связана с пребыванием в нем преподобного старца Гавриила (Зырянова) (1844-1915). Преподобный Гавриил происходил из крестьян Пермской губернии. В течение 10 лет он являлся послушником в знаменитой Оптиной пустыни, являлся духовным чадом преп.Амвросия Оптинского. В Москве он принял постриг с именем Тихон, затем по указанию оптинских старцев, покинул Москву и направился в Раифу, а затем - в Седмиозерную пустынь, в которой жил в 1883 по 1908 гг. В 1894 году принял схиму, в 1900 году по настоянию правящего архиерея был назначен наместником пустыни. Усердием старца Гавриила был отстроен в 1898-1899 гг. новый двухэтажный храм во имя преподобного Евфимия Великого и святителя Тихона Задонского для неусыпного чтения Псалтири по усопшим. В конце XIX - начале XX вв. преподобный Гавриил был одним из авторитетнейших русских старцев. В 1908-1915 гг. он проживал на покое в Спасо-Елеазаровом монастыре под Псковом, в 1915 году вернулся в Казань, но до Седмиозерной пустыни не доехал, скончавшись на квартире своего духовного сына в Казанской духовной академии. Тогда же старец был погребен в Седмиозерной пустыни в отстроенном им храме Препоподобного Евфимия Великого. В 1997 году схиархимандрит Гавриил был канонизирован.
К началу XX века Седмиозерная пустынь была большим и красивым монастырем. Здесь находились Вознесенский собор и церковь Смоленской Божьей Матери - оба храма второй половины XVII века, монастырь окружали стены того же времени. Внутри располагалились пять каменных корпусов построенных в основном в XIX веке. В 1881 году была построена высокая колокольня. Историей основания и внешним обликом Седмиозерная пустынь была похожа на Раифский монастырь. Но, в отличии от Раифы Седмиозерная пустынь после закрытия в 1926 году была, в основном, разрушена. Ко времени передачи монастыря в ведение Русской Православной Церкви (в 1997 году) сохранились только: братский корпус, построенный в 1893 году, часть стен со странноприимным домом и двухэтажный храм во имя преподобного Евфимия Великого и святителя Тихона Задонского. Именно в этом храме был похоронен старец Гавриил (его мощи были частично спасены от осквернения в советское время и сейчас часть их почивает в Седмиозерной пустыни, а остальная часть в церкви св.праведного Иоанна Кронштадтского г. Казани). Кроме этого в монастыре имеется чудотворный список Седмиозерной иконы Божьей Матери, который пользуется особым почитанием. Недалеко то монастыря находятся два святых источника.
В настоящее время в монастыре идут восстановительные работы, уже отреставрирована церковь и братский корпус, налаживается монастырское хозяйство, идет подготовка к восстановлению других монастырских построек, строительству монастырской ограды.
