В давние времена пещера Мелидони служила местом преклонения и жертвоприношения различным богам. Доказательством тому служат найденные в пещере фрагменты керамики и двойной топор (символ минойской эры). Позднее там хранился сундук с костями гиганта Талоса, а еще позднее она служила местом преклонения богам Гермесу и Зевсу. Согласно греческой мифологии Талос, сын бога Гефестуса, жил и умер в этой пещере. Тело и ноги его были медными, поэтому царь Минос и доверил этому гиганту охрану острова. Верный своему повелителю, он обегал вокруг острова трижды в день. В честь его невысокие горы в округе носят название гор Талоса. Новая история пещеры. Пещера также играла важную роль и в новейшей истории Крита. С самого начала революции в 1821 году против турков жители Мелидони принимали активное участие в освободительной борьбе. Вследствие этого они постоянно подвергались нападениям турецких солдат, и пещера служила их единственным убежищем. Во время турецкого нападения в ноябре 1823 г. 370 жителей (дети, женщины и старики) спрятались в пещере под прикрытием 20 вооруженных солдат. Паша Хуссейн, военачальник турецкой армии, окружил пещеру и потребовал жителей сдаться. Когда жители Мелидони отказались подчиниться, паша Хуссейн атаковал пещеру и потерял в схватке 24-х своих солдат. Разъяренный своим поражением он приказал собрать огромную кучу хвороста перед входом в пещеру и поджечь его. Все находящиеся в пещере погибли от дыма. В память об этом трагическом событии внутри пещеры находится каменный алтарь. Использована информация из путеводителя «Крит» издательство «Дискус-Медиа» 2007 г. и из информационного буклета, распространяемого напротив входа в пещеру.
