История храмов кафедрального собора насчитывает более полувека: малый храм перестроен и освящен через месяц после окончания войны, а новый храм собора заложен в начале 1990-х и до сих пор строится.
В конце 2008 года, с созданием Джанкойской епархии, Свято-Покровский храм стал кафедральным собором, и здесь совершались диаконские и иерейские хиротонии, богослужения Пасхи, двунадесятых праздников, Великого поста, совершались Крещальная Литургия и ночные Литургии, молебны и акафисты перед мощами святых угодников Божиих, награждения церковными орденами представителей городской, районной и республиканской администрации, политических партий, СМИ и здравоохранения, но важнее всего, что совершаются спасительные Таинства Церкви и регулярно звучит проповедь Слова Божия. Богослужения теперь звучат ежедневно.
В 1900 году в поселке Джанкой, недавно ставшем узловой железнодорожной станцией, открылась церковноприходская школа, в 1909 построен храм во имя иконы Божией Матери Тихвинской.
Получение статуса города совпало с событиями революционной бури, и к середине 20-х годов город остался без храма и без священника. Архивный документ лаконичен: «Ликвидация Православной Тихвино-Богородичной Церкви в г. Джанкое. Начало 10/Ш 1923 г. Окончено 25 /IV 16 мая 1931 г.».
«Старожилы вспоминают, - пишет Ольга Кочунева, исследовательница биографий священников Джанкоя, - они слышали от своих родителей, что в храм ворвалась безумствующая толпа, она выносила из храма книги, палила костры, разбивала иконы и церковную утварь, затем кто-то из зачинщиков спросил, найдутся ли смелые, кто полезет сбивать кресты на куполах. Нашлось двое смельчаков, они были комсомольцами, и, видимо, хотели показать всем свой задор. Люди, стоявшие в толпе, стали свидетелями такого чуда: один из смельчаков оглох сразу, как только спустился сверху. А вот второй своим поступком предрешил судьбу всей своей семьи: все его родные погибли в годы оккупации, и он сам в том числе. Спустя время храм взорвали матросы. А потом из кирпичей храма построили баню, и школьников заставляли возить кирпичи разрушенного храма на эту «стройку века».
В 1943 году, спасаясь от массовых расстрелов нацистов, в Джанкой переехал с семьей протоиерей Алексий Подсадный (1881-1957)Оккупанты, останавливаясь в доме священника, по воспоминаниям джанкойцев, застывали на пороге, когда видели в святом углу икону Богородицы, и не обижали хозяев. А православные верующие, прихожане джанкойского храма, спасали узников концентрационных лагерей, передавали заключённым одежду, продукты, медикаменты, а то и вызволяли из неволи обречённых на смерть людей, выдавая их за своих родственников; на территории храма назначали встречи подпольщики. Некоторые из оккупантов проявляли внимание и доброе отношение к людям, всех некрещеных детей немцы силой сгоняли креститься.
5 июня 1945 года православная община получила типовой договор на открытие Свято-Покровского храма: верующие решили, что, если останутся живы, отдадут свой дом под храм. Церковь Покрова Божией Матери перестроили из бывшей конюшни, а жилой дом стал приходским домом нескольких поколений священников и их семей. Этот храм, вытянутый с севера на юг, с пристроенным на восток алтарем и надстроенным в центре куполом, вошел в состав комплекса кафедрального собора в качестве малого храма.
После отца Алексия настоятелем джанкойского храма стал протоиерей Игнатий Кирильчук (1898-1963).
После смерти отца Игнатия настоятелем Свято-Покровского храма стал протоиерей Борис Либацкий (1910-1984), он же возглавлял около 20 лет Джанкойский благочинный округ. Несмотря на гонения, на службах всегда было полно народа, а правились службы полностью, без сокращений. Двери дома батюшки всегда были открыты для всех страждущих, он для каждого мог найти нужные слова, помолиться за человека, утешить его. Те, кто боялся за свое комсомольское будущее, приходили на крещение ночью. Были и те, кто венчался в это время.
В 1984-1985 годах в джанкойском Свято-Покровском храме на настоятельской должности пребывали благочинный церквей Ялтинского округа Симферопольской епархии протоиерей Адам Дмитренко, священник Георгий Северин, протоиерей Александр Легач и другие священники.
В декабре 1985 года в Джанкой по благословению владыки Леонтия после окончания Ленинградской семинарии и нескольких месяцев службы в Симферополе приезжает молодой священник отец Владимир Легач, уроженец Закарпатья. В 1987 году отец Владимир становится благочинным Джанкойского благочиния. Вместе с отцом Владимиром в эти годы в Джанкое служили отец Валерий Цуркан, благочинный Сакского округа, и отец Михаил Халюта, теперь благочинный Алуштинского округа.
С 1990 года в непосредственной близости от старой Свято-Покровской церкви начато возведение нового храма. «С самого детства у отца Владимира была мечта, - пишет Ольга Кочунева, - построить большой храм. И вот в 1990 году он начал осуществлять эту мечту, сделав проект и заложив первый камень на строительство большого храма. Строительство продвигалось тяжело, так как не хватало средств на стройматериалы. Весь лесоматериал отец Владимир вез из Закарпатья, камень - из крымских карьеров. И цемент, и гвозди – все приходилось доставать самому, так как в Украине в это время был экономический кризис. В это же время он облагородил церковный двор: построил крестилку, просфорню, заасфальтировал церковный двор, разбил клумбы перед храмом, а еще высадил во дворе березы, которые и по сей день радуют приходящих в храм людей. Огромную помощь по выделению земли под строительство храма оказал председатель горисполкома В.И. Нестеров. Несмотря на трудности, храм все-таки строился, и к 1998 году он был практически готов».
В канун дня памяти перенесения мощей святителя Николая Чудотворца, весной 1998 года около семи утра раздался взрыв: десятки тонн строительного материала обрушились внутрь собора. То, что минуту назад торжественно увенчивало центральный купол, вмиг превратилось в строительную пыль из ракушечника, бетона и арматуры: масса центрального купола храма достигала 240 тонн. На сто метров вокруг разлетелись осколки; на противоположной стороне улицы Льва Толстого, у входа в отделение милиции, находили фрагменты церковного купола. Причина случившегося непонятна до сих пор. Говорили, что была допущена ошибка в проекте - не рассчитали вес купола. На момент трагедии на куполе работали 6 человек. Все остались живы. Именно они рассказывали потом, что им показалось, будто бы купол был взорван». Погиб только церковный сторож: за день до обрушения купола он заживо сгорел по неизвестным причинам.
15 мая 2001 года на повороте возле поселка Красногвардейское автомобиль, в котором ехал протоиерей Владимир Легач, попадает в аварию. Много людей пришло проводить батюшку в последний путь, на отпевание приехал и владыка Лазарь.
Следующим настоятелем Свято-Покровского храма и благочинным Джанкойского округа стал протоиерей Иоанн Гладковский, уроженец Тернопольщины. По окончании семинарии он служил на приходах, с 2000-го года в Крыму. Благодаря его трудам восстановили центральный купол, стены храма оштукатурили и побелили, а 10 ноября 2005 года митрополит Симферопольский и Крымский Лазарь совершил чин освящения нового храма.
В 1998 году в храме создали профессиональный хор, его руководителем стала матушка Валентина Легач. Она же занималась и воскресной школой; на местном телевидении Валентина Легач вела телепередачу «С нами Бог».
11 ноября 2008 года в Свято-Успенской Киево-Печерской Лавре состоялось очередное заседание Священного Синода Украинской Православной Церкви, возглавил его Блаженнейший Митрополит Киевский и всея Украины Владимир. Согласно Журналу № 105 Священного Синода УПЦ, путем выделения из состава Симферопольской епархии была образована Джанкойская епархия, Преосвященным Джанкойской епархии надлежит именоваться "Джанкойский и Раздольненский". Епископом Джанкойским и Раздольненским стал архимандрит Нектарий (Фролов), клирик Ровенской епархии.
