Церковь Николы Притиска является одним из самых древних памятников, сохранившимся на Подоле. Церковь построена на средства киевского мещанина по прозвищу Железный Грош в 1695—1707 годах (по другим источникам — в 1631 году) в стиле украинского барокко. Эта небольшая церковь очень похожа на украинские крестообразные деревянные храмы.
На месте, где сейчас находится храм, еще в часы Киевской Руси стояла церковь, посвященная Святому Николаю. По легенде, упавшая икона Св. Николая "притиснула" вора, пытавшегося ограбить храм. По другой версии, наименование происходит от образа Николая Притыского, стоявшего неподалеку на пристани ("притыке"). Святой Николай всегда был покровителем моряков, торговцев и купцов, поэтому неудивительно, что торговый люд Подола строил церкви, посвященные своему святому. В XVI веке на том же месте была построена новая деревянная церковь, по традиции получившая то же название. Первое упоминание о ней встречается в источниках 1612 года. Известно, что во время сильного пожара на Подоле в 1651 году она сгорела. Церкви Николы Притиска досталась достаточно сложная судьба, каменная церковь также не раз горела. После пожара 1718 на деньги меценатов церковь восстановили в 1750 году. Особенно страшным был пожар 1811 года, когда полностью сгорел весь Подол. После этого пожара обгоревшие стены церкви больше десятилетия не имели крыши. Восстановление храма, вместе с колокольней, было осуществлено по проекту архитектора А. И. Меленского с сохранением его архитектурных форм. Колокольня была сооружена в стиле ампир, но с лепниной в стиле барокко, а ее верхний ярус в стиле классицизма был достроен уже во второй половине XIX столетия. В начале XX столетия, по инициативе церковного старосты И. С. Новикова, храм был значительно обновлен. Но уже в 1909 он опять сгорает.
В советский период богослужения в храме продолжались до 1935 года, так как в нем проводил службы и жил митрополит УАПЦ Іоан Павловский. В 1935 году храм закрыли и использовали помещение под хлопко-прядильную фабрику. С 1977 года храм реставрировался, а 17 мая 1983 обвалилась его юго-восточная часть. До 1990 года продолжалась реставрация. После ее завершения церковь через некоторое время передали верующим.
