История Прихода начинается с весны 1988 года, по благословению архиепископа Омского и Тюменского Феодосия в городе Нефтеюганске зарегистрирована Православная община в честь великомученика и целителя Пантелеимона. Для совместных молитв верующие собирались на частной квартире. 25 декабря 1988 года для устроения первого храма в городе был приобретен балок в 11 "А" микрорайоне по адресу: ул. Кедровая 70 "Д". Богослужения проводили священники, приезжающие из Тобольска и Сургута. С апреля 1990 настоятелем храма назначен иерей Николай Матвийчук, с приходом которого богослужения стали совершаться регулярно. Начались работы по ремонту дома, его переоборудованию в храм. 19 декабря 1990 года однокупольный храм с пристроенным алтарем, был освящен Преосвященнейшим Димитрием епископом Тобольским и Тюменским в честь великомученника и целителя Пантелеимона. В августе 1992 года епископ освятил краеугольный камень-сваю, и в Нефтеюганске началось строительство нового кирпичного храма по проекту Санкт-Петербургского архитектора С.А.Ковалева. 13 мая 1996 года началось строительство «Комплекса православной общины» с храмом-крестильней. В октябре 1997 года были освящены два престола вновь построенного кирпичного храма. Верхний храм освящен в честь Святого Духа, нижний - в честь святого великомученика и целителя Пантелеимона. 24 ноября 1999года, в связи с перерегистрацией Устава, православный приход Свято-Пантелеимоновской церкви переименован в местную православную организацию Приход храма «Святого Духа». В сентябре 2003 года Его Высокопреосвященством архиепископом Тобольским и Тюменским Димитрием и Его Преосвященством епископом Барнаульским и Алтайским Максимом был освящен «Комплекс православной общины» с храмом - крестильной в честь иконы Божией Матери «Почаевская». В этом Комплексе разместились: классы Воскресной школы, просфорная, швейная мастерская с классом рукоделия для детей, классы духовной и народной песни, хореографический класс, библиотека
