После начала Великой Отечественной войны тысячи винничан ушли на фронт. Для борьбы с вражескими диверсантами и охраны промышленных объектов был создан истребительный батальон. Тысячи жителей города сооружали укрепления и несли службу в отрядах противовоздушной обороны. 19 июля 1941 года немецко-фашистские войска с боем заняли Винницу. В годы оккупации в городе действовали антифашистские подпольные группы, деятельность которых направлял подпольный центр, которым руководил И. В. Бевз. В окрестностях города действовало несколько партизанских соединений и отдельных отрядов. Деятельность подпольщиков и партизан была осложнена тем, что оккупантами в городе был установлен особый режим в связи с размещением под Винницей ставки Гитлера «Вервольф». Немецко-фашистские захватчики создали в городе два лагеря для военнопленных, в которых погибло свыше 12 тысяч человек, при проведении массовых облав захватчики расстреляли около 25 тысяч горожан, большинство из которых-евреи, а 13400 молодых ребят и девушек отправили на каторжные работы в Германию. Фашистами уничтожено свыше 700 больных Винницкой психоневрологической больницы, а помещение лечебницы было превращено в офицерский клуб. В общей сложности за годы оккупации города гитлеровцы уничтожили более 42 тысяч человек мирного населения. Несмотря ни на что, винницкое подполье работало вплоть до последних дней оккупации: уничтожались гитлеровцы и предатели, устраивались диверсии на предприятиях города, взрывались поезда, выводились из строя линии связи, распространялись листовки. 20 марта 1944 войсками 1-го Украинского фронта Винница была освобождена. Сотни подпольщиков были награждены государственными наградами. Руководителю подполья И. В. Бевзу и Л. С. Ратушной посмертно присвоено звание Героев Советского Союза. Всего же за годы войны звания Героя Советского Союза были удостоены 118 уроженцев Винницкой области. За время войны количество жителей Винницы со 100 тысяч сократилось до 27 тыс. человек, из 50 промышленных предприятий уцелело лишь 10, было полностью разрушено 1880 жилых домов.
Материал из .
Старая фотография в альбоме это расстрел последнего еврея Винницы, сделанная офицером немецкой айнзатцгруппы, занимавшейся казнями лиц, подлежавших уничтожению (в первую очередь — евреев). Название фотографии было написано на ее обратной стороне.
Винница была оккупирована немецкими войсками 19 июля 1941 г. Часть евреев, живших в городе, успела эвакуироваться. Оставшееся еврейское население было заключено в гетто. 28 июля 1941 г. в городе были расстреляны 146 евреев. В августе расстрелы возобновились. 22 сентября 1941 г. большинство заключенных винницкого гетто были уничтожены (около 28 000 человек). Были оставлены в живых ремесленники, рабочие и техники, труд которых был необходим германским оккупационным властям.
Вопрос об использовании еврейских специалистов обсуждался на специальном заседании в Виннице в начале 1942 г. Участники совещания отмечали, что в городе находится пять тысяч евреев, в их руках «все промыслы... они работают также во всех имеющих жизненное значение предприятиях». Начальник полиции города заявил, что наличие евреев в городе его очень беспокоит, «так как строящееся здесь сооружение [ставка А. Гитлера] находится в опасности благодаря присутствию здесь евреев». 16 апреля 1942 г. почти все евреи были расстреляны (оставлены в живых только 150 евреев-специалистов). Последние 150 евреев были расстреляны 25 августа 1942 г. Однако немцам не удалось уничтожить всех евреев Винницы до единого — евреи, скрывавшиеся в городе, участвовали в общегородском подполье. Среди подпольщиков насчитывалось не менее 17 евреев.
