Впервые село Клёново на речке Моче было упомянуто в писцовых книгах 1627–1628 годов. Тогда оно относилось к Перемышльской волости Московского уезда и числилось «за князем Никитою Петровым сыном Барятинского».
Князь Никита Петрович Барятинский — русский военный и государственный деятель, дворянин московский и воевода. Младший (пятый) сын воеводы князя Петра Ивановича Барятинского. Полное имя Князь Никита Княж Петров сын Барятинской.
• В 1598 году был «стряпчим с платьем».
• В 1614 году воевода в Коломне.
• В 1614 году во время военных действий боярина князя Ивана Никитича Одоевского против Заруцкого Ивана Мартыновича в Астраханском крае, охранял с особым отрядом город Алатырь.
• В феврале 1615 года ему поручено было отразить, шедших с юга на Рязань черкас, поставив засеки около города Сапожка Ряжского. Но «князь Микита тем походом замешкал, с людьми в поход скоро не собрался» и не остановил черкас, поэтому с 1615 года по февраль 1616 года его послали на менее ответственную должность в воеводы в Воронеж.
• Вслед за тем, однако, в сентябре 1616 года ему снова дали важное поручение охранять Псков от ожидавшегося нападения шведов. Когда эта тревога оказалась ложной, Барятинскому велено было идти с его полком в Дорогобуж и отразить Гонсевского, шедшего с поляками и литовцами на Смоленск. Барятинский действовал здесь так же мало успешно, как раньше под Рязанью. Гонсевский в ноябре 1616 года окружил его в Дорогобуже, отрезал отступление на Смоленск, разбил отряд его племянника князя Фёдора-Горбунца. На выручку осаждённым в Дорогобуже отправлен с большим войском боярин Юрий Яншеевич Сулешов, который и разбил Гонсевского. Барятинскому, как и другим воеводам, пожалованы были за эту победу «золотые».
• В 1618 году князь Никита Петрович назначен в товарищи к князю Катырёву-Ростовскому для охраны столицы от польского королевича Владислава.
• Последние годы жизни Барятинский провёл на воеводствах в сибирских городах:
• С 13 января 1623 года по 29 августа 1624 год был воеводой на Верхотурье.
• В 1627 году переведён на Вятку в города Хлынов, Котельнич, Орлов.
• С 14 января 1631 года по 1632 год был воеводой в Таре.
В селе был двор приказчика, двор дворового человека, три крестьянских и семь бобылих дворов. К тому же в селе была деревянная церковь Николая Чудотворца[4].
Никита Барятинский умер, и Клёново перешло к его наследникам. В 1675 году Юрий Никитович продал село князю Степану Васильевичу Ромодановскому. На тот момент в селе уже было 15 крестьянских и 5 бобыльских дворов. В 1681 году село унаследовала его дочь Марфа. Часть своих владений Марфа продала, затем она вышла замуж, и Клёново перешло её мужу, Борису Михайловичу Черкасскому. В 1722 году село досталось по наследству их сыну, Петру Борисовичу Черкасскому[4].
• Князь Пётр Борисович Черкасский (ум. 1768) — действительный тайный советник, московский генерал-губернатор в 1760-62 гг.
• Из княжеского рода Черкасских. Сын князя Бориса Михайловича (1679-1721), комнатного стольника, и его жены Марфы Степановны, урождённой княжны Ромодановской.
• В 1718 году поступил на службу гардемарином. В 1721 году получил звание унтер-лейтенанта, в 1726 году — лейтенанта.
• В 1735 году в чине полковника участвовал в русско-турецкой войне 1735—1739. В 1736—1737 годах участвовал во взятии Бахчисарая и штурме крепости Гёзлёв (ныне — Евпатория). Был ранен. С 15 октября 1740 года — генерал-майор.
• В 1743 году назначен в Комиссию по рассмотрению Лопухинского дела. В 1743 году — губернатор Новгорода. Награждён орденом Св. Александра Невского.
• В 1744—1760 годах — командир лейб-гвардии Конного полка. С 5 сентября 1753 года — генерал-поручик. 30 августа 1757 года награждён орденом Св. Александра Невского.
• В период с 16 августа 1760 по 17 января 1762 года — московский генерал-губернатор. 17 апреля 1762 года вышел в отставку в чине генерал-аншефа в знак протеста против заключенного Петром III договора о мире и дружбе с Фридрихом II.
В 1756 году Пётр Борисович Черкасский обратился в Московскую духовную Консисторию с просьбой разрешить ему построить новую деревянную церковь взамен старой[4]. Разрешение было получено, и в 1758 году новая деревянная церковь была освящена[5]. А в 1793 году на месте деревянной была выстроена каменная Петропавловская церковь с приделом Святого Николая[4].
• Летописная история нашего храма начинается в 1627 году с упоминания о деревянной шатровой церкви святого Николая Чудотворца в вотчине князя Никиты Петровича Барятинского – селе Клёново. Село переходило от одного владельца к другому, но каждый из них считал своим долгом заботиться о храме Божием. Так в 1756 году князь Петр Борисович Черкасский подал прошение в Московскую Духовную Консисторию о строительстве нового храма, так как старая церковь «весьма ветха и мала» (а приход храма в то время насчитывал 94 двора, мужского пола 331, женского 267 душ). В 1758 году новая церковь, тоже деревянная, украсила Кленово. В 1770 году, после смерти отца, князь Петр Петрович Черкасский просит разрешение пристроить к храму теплый придел во имя святых апостолов Петра и Павла. В этом же году придел был построен и освящен.
• К 1793 году усердием вдовы Петра Петровича, княгини Марии Черкасской, вместо деревянной церкви возведен величественный каменный храм в переходных формах от позднего барокко к классицизму (в нем, как и ранее, два придела – св. Николая и св. апостолов Петра и Павла). Строительство шло четыре года. На средства М.А. Черкасской в храме устанавливается иконостас, и расписываются стены сюжетами на евангельские притчи. Княгиня–храмоустроительница была погребена в склепе близ алтаря. Ныне на этом месте, увы, только пустырь.
• В 1812 году храм разграбили войска Наполеона, они унесли всё, что можно было унести и сожгли документы. В последующие годы, вплоть до октябрьского переворота 1917 года, храм украшался и поддерживался в благолепии.
• В 1871 году в память об избавлении от эпидемии холеры жители Кленово и окрестных деревень предложили устроить в трапезной части храма ещё один придел – в честь Владимирской иконы Божией Матери. Половину расходов по устройству придела взял на себя потомственный почетный гражданин города Москвы Николай Иванович Колесов. Вскоре был освящен новый престол. Из часовни д. Свитино переносят в храм издавна почитаемую Владимирскую икону.
• В 1888 – 1890 гг. усердием церковного старосты - крестьянина деревни Зыбино - Кирилла Митрофанова в храме были обновлены живопись и позолота на иконостасе, позолочены кресты. В эти же годы на колокольню устанавливают новый колокол весом в 100 пудов (1600 кг) в дополнение к другому исполину весом 174 пуда. На средства московского купца Александра Ивановича Шамшина (владелец усадьбы Клёново с 1876 года) пол в храме выстилается подольским мрамором.
• В 1903 году А.И. Шамшин строит при храме богадельню во имя святой великомученицы Варвары – последнее земное прибежище для больных, одиноких и бедных жителей Кленово и окрестных деревень. Революционные вихри не пощадили храм – в 1927 году он был закрыт (а вместе с ним и богадельня), а в 1933 году превращен в зернохранилище. Разграблен и вывезен иконостас, пропали иконы, богослужебные сосуды, церковная утварь, светильники, подсвечники, облачения – всё то, что по копеечке собиралось не одним поколением православных людей. Последний приходской батюшка – Николай Вознесенский – по доносу жителей был сослан в северные лагеря и дальнейшая его судьба неизвестна. Кладбище вокруг храма уничтожено и на его месте (т.е. на могилах) вплоть до недавнего времени стояли сараи. Позже церковь использовали как общежитие, магазин и, наконец, она пришла в полное запустение и являла собой весьма унылое зрелище.
• В 1991 году поруганный и обезображенный храм был передан Русской Православной Церкви. 26 октября 1991 года, в день празднования Иверской иконы Божией Матери, вновь образована православная община. И с этого дня началось трудное и медленное его возрождение. Первый настоятель храма, священник Александр Катков, не жалея сил и времени, в тяжелых условиях неустроенного быта, десять лет трудился над его восстановлением.
• С Божьей помощью, нашлись и те, для кого воссоздание храма стало делом чести – его благотворители и благоукрасители. Драгоценной жемчужиной храма является 16-метровый резной позолоченный иконостас. В обрамлении белых стен он предстает как вестник красоты иного мира. Более двух лет (с 2001 по 2004 г.) иконостас создавали наши современники – русские мастера из Нижнего Новгорода.
• По благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия 21 ноября 2004 года, в день Архангела Михаила, храм был освящен архиепископом Можайским Григорием. В 2005 году для икон в четверике изготовлены резные киоты, украшенные позолотой и басмой, а также резная мебель в трапезной (передней) части храма.
• В 2008 и 2009 году для храма написаны новые иконы и в основном завершено оформление интерьеров. В 2009-2010 капитально отремонтирована колокольня, покрашены все фасады и внутренняя часть храма, а так же произведена замена кровельного покрытия на медное (на четверике), и на металло-полимерное (на трапезной части храма).
• К приходу храма приписан храм свв. апостолов Петра и Павла в деревне Дубовка Подольского района, построенный в 2006 - 2008 гг. на средства жителя деревни в память о погибшем сыне.
• В 2008 году начались работы по реставрации часовни Иверской иконы Божией Матери (19 век) в деревне Чернецкое Кленовского сельского округа. Исторические сведения о ней пока не найдены.
С 1 июля 2012 года вошло в состав города федерального значения Москва.
