Годом официального основания музея является 1920-й год, когда коллегия Горно-Алтайского отдела народного образования решила «признать необходимость создания музея в Горном Алтае». В дальнейшем развитии музея значительную роль сыграл А.В. Анохин, первый заведующий музеем, а также начатое им в 1925–1926 гг. краеведческое движение и созданное «Общество друзей Ойротского краеведческого музея». Свыше 20 лет своей жизни он посвятил сбору и изучению материалов по этнографии, фольклору, музыкальному и песенному творчеству народов Южной Сибири.
В первые годы деятельности музей не имел возможности вести полноценную работу в связи с отсутствием постоянного помещения (с 1920 по 1927 гг. музей неоднократно переезжал из одного населенного пункта в другой). 7 декабря 1926 г. музею было предоставлено отдельное помещение в Улале. Это было однокомнатное каменное здание на Базарной площади – дом-магазин купца Д. Тобокова, в котором ранее располагался Союз охотников.
В 1931 г. музей был переведен в бывшую лавку купца Бодунова по улице Советской № 16 и размещен в 3-х комнатах нижнего этажа, основную часть здания занимали Ойротская художественная школа и Ойротский областной архив. С 1933 по 1989 годы музей стал занимать весь дом, который до сих пор население г. Горно-Алтайска называет «Старый музей».
С этого момента музей становится центром краеведческого движения, который впервые в 1920–30-е гг. проводит научно обоснованные экспедиции по исследованию природных ресурсов, археологических древностей, изучению материальной и духовной культуры народов Горного Алтая, которые способствовали не только научному изучению региона, но и пополнению минералогических, таксидермических, этнографических, энтомологических и других коллекций музея. Музей стал предшественником культурных, научных учреждений, опорной базой для участников научных экспедиций, отдельных ученых, краеведов; справочным пунктом для инженерно-технических работников, геологов, агрономов; образовательным учреждением, дающим разнообразные знания о крае для широких масс местного населения. Традиция проведений археологических, этнографических экспедиций продолжалась и в 1950–1980-е гг. Многие поколения музейных сотрудников активно работали над пополнением, изучением, сохранением фондов.
В 1989 г. музей переезжает в новое трехэтажное здание, специально построенное для него. В 1990 г. 28 мая распоряжением Совета Министров РСФСР Горно-Алтайскому областному краеведческому музею было присвоено имя А.В. Анохина. В 2002 году Постановлением Правительства Республики Алтай музею присвоен статус национального.
Музейными сотрудниками опубликованы сотни научных статей по археологии, этнографии, истории Горного Алтая. В 1990-х гг. директором музея Р.М. Еркиновой изданы в Амстердаме каталог и альбом работ Г.И. Чорос-Гуркина, в 2007 г. в соавторстве с кандидатом искусствоведения, сотрудником музея Е.П. Маточкиным каталог «Н.И. Чевалков», каталог «Ойротская художественная школа» и т.д.
Национальный музей является инициатором проведения научно-практических конференций «Анохинские чтения», «Оносские встречи» получившие положительную оценку ученых и широкой общественности. По материалам конференции издаются сборники с одноименным названием.
В конце 1990-х гг. назрела необходимость реконструкции здания. В 2003–2004 гг. Национальным музеем был защищен проект реконструкции здания музея и расширения площадей под фондохранилища и мавзолей «Укокской принцессы» – мумифицированного тела женщины пазырыкской культуры VIII–II вв. до н.э., обнаруженного в 1993 г. экспедицией Института археологии и этнографии СО РАН на плато Укок Кош-Агачского района Республики Алтай.
Сегодня здание, в котором размещаются музейные экспозиции и выставки, фондохранилища и административно-хозяйственные помещения, в процессе проектирования приобрело новый архитектурный облик, превратившись в многоярусный динамичный комплекс. Большие плоскости скатных кровель в сочетании с поверхностями стен напоминают крутые горные склоны и древние таинственные курганы, в глубине которых сокрыты сокровища Алтая. Тему «кургана» подчеркивают и развивают решение главного входа и сакральное пространство мавзолея, где разместились погребальные предметы из высокогорного плато Укок: саркофаг с мумией женщины пазырыкской культуры, получившей имя Укокской «принцессы», высокохудожественные деревянные украшения и детали упряжи коней, а также каменные стелы. В пространстве атриума, который объединяет два объема – существующее здание и пристрой, проектированы обзорные лифты и размещены 12 подлинных тюркских каменных изваяний, установлен алтайский аил – жердевое жилище с традиционной обстановкой. Около него – стилизованная вертикальная коновязь, в древности имевшее не только утилитарное назначение, но и глубокий духовно-мифологический смысл.
В музее и его филиалах работает 80 человек, среди которых 1 кандидат искусствоведения и 2 кандидата исторических наук.
В фондах Национального музея хранится весь спектр предметов материальной и духовной культуры народов Республики Алтай: археологические находки, характеризующие все основные этапы древней истории Горного Алтая, этнографические коллекции одежды и предметов и быта, произведения изобразительного и декоративно-прикладного искусства, естественнонаучные коллекции и фотодокументальные материалы. Всего более 60 тысяч единиц хранения. Уникальные коллекции: живописные и графические работы первого профессионального художника среди коренных народов Сибири, ученика И.И. Шишкина, Академии художеств – Григория Ивановича Чорос-Гуркина (1500 работ); художника Николая Иванович Чевалкова и других; фонд редкой книги XVII – XX вв., иконы; археологические находки с мерзлотных курганов, оленные камни, изваяния, рунические письмена тюркского периода, шаманская атрибутика.
Национальный музей имени А.В.Анохина расположен по адресу:
Республика Алтай г. Горно-Алтайск, ул. Чорос-Гуркина, 46
График работы музея смотрите на официальном сайте музея
